يتضمن الهيكل التنظيمي للجهاز العربي للاعتماد في الوقت الراهن الجمعية العمومية و اللجنة التنفيذية و السكرتاريا و اللجنة الفنية و لجنة اتفاقية الاعتراف متعدد الاطراف و لجنة الاتصال و التسويق.

كما يتم تشكيل مجموعات عمل حسب الطلب مثل مجموعة التخطيط التي تم تشكيلها لترسيم الدول في الاقليم و توفير خارطة طريق لتطوير نظام الاعتماد.