تتمثل المسؤولية الأبرز لسكرتارية الجهاز بمايلي:
- القيام بالأعمال اليومية الخاصة بالجهاز العربي للاعتماد
- التنسيق مع أعضاء الجهاز و متابعة تنفيذ الإجراءات التي تمت الموافقة عليها من قبل الجمعية العمومية و اللجنة التنفيذية.
- صيانة نظام السيطرة على الوثائق و السجلات
- التحضير لاجتماعات الجمعية العمومية و اللجنة التنفيذية
- تمثيل الجهاز العربي للاعتماد للقضاء و السلطات القانونية
- القيام بأي وظائف إضافية توكلها الجمعية العمومية